保健器械生产企业需要办理的证件主要包括：

医疗器械产品注册证：包括一类生产备案凭证、二三类注册证。企业必须先取得产品注册证，才能办理生产许可证，具备生产、销售该产品的资格。

医疗器械生产许可证：生产企业必须持有的证件，先进行现场核查，终由省药监局审核颁发。

医疗器械经营许可证：经营企业必须具备的证件。开办类医疗器械经营企业只需在营业执照上添加销售产品即可；开办第二类医疗器械经营企业，应当向省、自治区、直辖市药品监督管理部门备案，发给《医疗器械经营备案凭证》；开办第三类医疗器械经营企业，应当经省、自治区、直辖市药品监督管理部门审查批准，并发给《医疗器械经营企业许可证》。

类医疗器械备案凭证：生产企业向所在地设区的市级人民政府药品监督管理部门备案，并取得主管部门盖章的《类医疗器械备案信息表》。

第二类、第三类医疗器械注册证：生产企业向所在地省、自治区、直辖市人民政府及国家药品监督管理部门提交注册申请资料，申请《医疗器械注册证》。

营业执照：首先需要到工商局办理《营业执照》申请，获取工商局部门监制的《营业执照证书》。

办理这些证件时，建议找的代办机构去办理，以避免不必要的麻烦和延误。