在企业管理中，合规性是非常重要的一环。特别是在医疗行业，拥有二类医疗证件是企业的法定证照之一，它象征着企业在这个领域的经营能力和专业资质。然而，在企业注销时，许多管理者可能会忽略这个证件的处理。问题来了：公司注销时，二类医疗证需要注销吗？

根据《医疗器械监督管理条例》的规定，二类医疗器械的经营需要依照规定申请相应的许可，而这个许可是在公司的基础上授予的。因此，当企业决定注销时，其经营的二类医疗器械也需要注销相应的经营许可。

一方面，如果企业没有注销二类医疗证，那么该证件可能就会成为无效的证件，这会导致企业在法律上存在违规的情况。另一方面，如果企业将二类医疗证留在手上，但企业已经注销，那么这个证件可能就会被不法分子利用，这会给企业带来不必要的法律风险和经营风险。

因此，我们建议，在公司注销时，应该主动将二类医疗证进行注销。这不仅能够保证企业的合法合规性，也能够避免未来可能出现的法律风险。同时，企业也应该做好医疗证的保管工作，防止遗失或者滥用。

总的来说，虽然二类医疗证是企业的宝贵资产，但在公司注销时，我们应当按照规定将其进行注销，以保障企业的长远利益和稳健运营。