个体户不能直接办理二类医疗器械经营备案，但可以转变为企业组织形式后申请。根据相关规定，从事第二类医疗器械经营的申请人应当是依法在工商部门登记的企业。个体户需要先升级为个人独资企业或有限公司，然后才能办理二类医疗器械经营备案凭证。

在办理过程中，个体户需要准备一系列材料，包括但不限于：

第二类医疗器械经营备案表

营业执照和组织机构代码证复印件

法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或职称证明复印件

组织机构与部门设置说明

经营范围、经营方式说明

经营场所和库房的房屋产权证明文件或租赁凭证复印件

经营设施、设备目录

经营质量管理制度、工作程序等文件目录

经办人授权证明。

此外，个体户在申请二类医疗器械经营备案时，需要确保所经营的医疗器械符合国家的安全性和有效性要求，并遵守相关法律法规的规定。