二类医疗器械备案在中国的设区的市级市场监督管理局申请。

首先，需要向企业所在地设区的市级市场监督管理局提出申请，申请时，需要提交第二类医疗器械经营备案申请表，并提供相关的材料，如企业营业执照、法定代表人或负责人的身份证明、质量负责人的资格证明、经营设施和设备目录、企业经营质量管理制度等。

这些材料需加盖公章，并扫描上传。部分地区还支持在线提交申请和材料，通过国家药品监督管理局或相应地区的政务服务网站进行。