办理二类医疗器械经营备案证的步骤如下：

提交备案申请。根据相关条例规定，从事第二类医疗器械经营的，经营企业应当向所在地设区的市级食品药品监督管理部门备案，填写第二类医疗器械经营备案表，并提交企业负责人、质量负责人身份证明、学历或职称证明复印件，以及企业库房地址的房屋产权证明文件及租赁协议等资料。如果是在网上进行申请，需要登录国家药品监督管理局网站，按照要求填写申请表并上传电子材料。

审查。提交材料之后，食品药品监督管理部门会当场对企业提交资料的完整性进行核对，申请材料齐全且符合法定形式，则接受备案资料，并发给企业第二类医疗器械经营备案凭证。如果材料不齐全或者不符合法定形式的，则会书面通知申请人，并说明理由。审查通过后，即可获得二类医疗器械经营备案证。