企业在互联网上申请办理海关注册、变更、注销业务，可以有以下几种方式：

1：通过中国国际贸易“单一窗口”标准版我要办事选择地区帐号注册或登录企业资质海关通用资质。

2：“互联网+海关”企业管理和稽查进出口货物收发货人注册登记。

3：未取得《营业执照》的企业，可通过市场监督管理部门“多证合一”渠道申请海关注册登记。

法律依据：《中华人民共和国海关法》第十一条 进出口货物收发货人、报关企业办理报关手续，应当依法向海关备案。

《中华人民共和国海关报关单位注册登记管理规定》

第五条 报关企业应当经所在地直属海关或者其授权的隶属海关办理注册登记许可后，方能办理报关业务。

第十五条 报关企业在取得注册登记许可的直属海关关区外从事报关服务的，应当依法设立分支机构，并且向分支机构所在地海关备案。

报关企业在取得注册登记许可的直属海关关区内从事报关服务的，可以设立分支机构，并且向分支机构所在地海关备案。

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