二类医疗器械经营备案流程主要包括以下几个步骤：

准备资料。企业需要准备齐备案所需的各种资料，包括企业的注册信息、医疗器械的生产、销售等信息，并在备案网站上进行在线填报。

审核资料。备案机构在收到企业的备案申请后，会核对申请资料的真实性和完整性，确认材料无误后视情况安排现场核查。

现场核查。备案机构会根据备案的不同类型以及备案材料的不同内容，决定是否安排到场核查，如需现场核查，企业应配合并按要求提供相关资料。

备案审核。备案机构在审核过程中，如发现申请材料不符合要求，将要求企业重新提交申请并进行修改。

备案公示。备案申请顺利通过后，备案机构会将备案信息在备案公示系统内进行公示。

领取备案证书。企业在备案通过并公示后，应当及时到备案机构领取备案证书，以便日后正常开展生产、销售等业务。

需要注意的是，申请材料包括但不限于第二类医疗器械经营备案申请表、营业执照副本复印件、组织机构代码证副本、法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明、企业组织机构与部门设置说明、经营范围、经营方式说明、经营场所、库房地址的地理位置图、平面图、房屋产权证明文件或者租赁协议（附房屋产权证明文件）复印件、经营设施、设备目录、企业经营质量管理制度、工作程序等文件目录、经办人授权证明（要明确授权事项、经办人姓名、身份号码等，并提供经办人身份证复印件）、对所提交资料真实性声明等。