是的，跨境电商需要在海关备案。根据中国海关的规定，跨境电商需要进行备案登记，以便在海关进行合法经营。

具体来说，跨境电商需要在海关总署进行备案登记，并取得相应的海关备案编号。同时，跨境电商还需要按照规定向海关申报货物的价值、数量、种类等信息，并支付相应的关税和增值税。

此外，根据《中华人民共和国电子商务法》，跨境电商还需要向国家税务总局申报货物的价值、数量、种类等信息，并支付相应的增值税和所得税。

需要注意的是，不同种类的跨境电商需要不同的备案手续和要求。因此，在进行跨境电商业务前，应当仔细了解相关的海关规定和政策，以确保合法、合规地进行经营。